바이오인포메틱스(대표 이승동 http://www.bioinfomatix.com)는 18일 프로테옴 연구자와 회사들이 단백질 기능 규명과 신약개발에 쉽게 이용할 수 있는 ‘랫 리버 에이징 프로테옴 데이터베이스’를 개발했다고 밝혔다.
이 제품은 미리 저장된 노화관련 DB와 세계적인 프로테옴 공개 DB 스위스프로트를 연결해 연구과정에 밝혀지는 새로운 단백질이 어떠한 기능을 하는지 비교 분석할 수 있다. 각종 프로테옴 연구자와 관련 회사들이 연구결과를 마치 그림파일을 첨부하듯 쉽게 DB에 저장하면 단백질의 정량값과 발현정도, 분자량 등 정해진 방법에 따라 데이터가 정렬된다.
이에 따라 방대한 프로테옴 연구의 결과물을 DB화하는 데 어려움을 겪었던 연구자들은 프로테옴 연구과정의 자동화와 표준화를 통해 연구에 가속도를 붙이게 됐다고 바이오인포메틱스는 설명했다.
랫 리버 에이징 프로테옴 DB는 생명공학벤처 제노마인이 연구한 실험 쥐의 노화현상에 대한 정보를 담고 있으며 각각의 단백질의 정량값과 발현정도, 2D 이미지, 염기서열 정보, 분자량 등 연구에 필요한 데이터를 포함하고 있다.
바이오인포메틱스는 특히 스위스프로트에 등록된 모든 단백질에 대해 이론적인 등전점(PI), 분자량(MW)의 데이터를 만든 후 이미지상에서 가장 유사한 위치를 찾아내는 ‘유사 위치 검색’ 기능도 구현했다. 또 이 DB는 단백질 발현 정도에 따라 키워드 검색과 단백질 점 위치에 따른 유사성, 서열 유사성 등 자세한 데이터를 검색할 수 있는 어드밴스트 검색도 가능하다.
이 제품은 DB개발과는 별도로 애플리케이션 패키지로도 개발되고 있으며 DB를 파는 것이 아니라 원하는 고객에게 서버 등 장비와 DB, 사용자 로컬 클라이언트 구조를 구현하는 소프트웨어를 포함하는 종합시스템으로 구축해준다.
<용어설명>
프로테옴=95년 과학자 마크 윌킨스가 만든 용어로 프로테인(protein·단백질)과 옴(ome·전체)의 합성어다. 세포에 적이 침투하거나 세포가 분열하는 등 외부환경이 바뀔 때마다 수많은 단백질이 어떻게 움직이고 어떻게 상호작용하는가를 밝히는 것을 말한다.
<김인순기자 insoon@etnews.co.kr>