남북한 과학기술협력의 틀은 단기적으로는 경제목표를 중시한 협력기반을 조성하는데 초점을 맞추어야 하며 장기적으로는 통일한국의 과학기술 시스팀의 완성차원에서 이루어져야 한다는 지적이 제기됐다.
27일과학기술정책관리연구소가 펴낸 과학기술정책동향 최신호에 따르면 남북한 과학기술협력은 남북한의 과학기술수준 및 협력의 기대효과를 종합적으로 고려해 정치.군사 등 비교적 장애가 덜한 부분, 경제적 이익을 도모할 수있는 차원에서 이루어져야할 것이라고 주장했다.
이에따라 이 보고서는 남북한의 과학기술 교류로 양측 모두에게 도움이 줄수 있는 분야로 기초과학과 천문대기.농축임업.원자력 등을 꼽았으며 남한이 북한에 도움을 줄 수 있는 분야로는 전자.의약학.기초과학.농축임업. 컴퓨터 분야 등을, 북한측이 남한에 도움을 줄 수 있는 분야로 원자력.기초과학. 지질학 등을 각각 선정했다.
또남북한 과학기술협력의 확산을 위해서는 북한기업들이 과학기술정보에 손쉽게 접근할 수 있도록 과학기술정보 관련 넷워크를 구축하는 것이 필요하며 북한지역에 기술창업센터 및 생산기술이전센터 등을 설립하는 것과 함께 남한의 국책연구개발사업에 북한이 참여하는 방안도 고려돼야 할 것이라고 지적했다. 이 보고서는 이밖에 과학기술협력의 특성상 일정궤도에 오르게 되면 장기적 인 대규모 연구개발자금이 필요하기 때문에 기존의 남북협력기금과는 별도로 과학기술협력을 위한 남북과학기술협력기금(가칭)을 조성하는 것이 바람직하 다고 제기했다.